March 2017 - aktuell - lists.lrz.de

PRACE PATC Course: Advanced Topics in High Performance Computing
by Weinberg, Volker March 21, 2017

March 21, 2017

Dear HPC users of LRZ, Are you interested in improving the node-level performance and I/O of your code or learning more about Intel Xeon Phi and PGAS programming? Then join our course "Advanced Topics in High Performance Computing". The registration deadline has been extended to Friday March 24, 2017. PRACE PATC Course: Advanced Topics in High Performance Computing https://events.prace-ri.eu/event/535/ Date: Monday, April 3, 2017 - Thursday, April 6, 2017, 09:00-17:00 Lecturers: Dr. R. Bader, Dr. S. Mendez, Dr. V. Weinberg (LRZ), Dr.-Ing. J. Eitzinger, Dr. G. Hager, Dr. M. Wittmann (RRZE) Topics: Processor-specific optimisation, parallel I/O with MPI I/O, tuning of I/O on LRZ's HPC systems, I/O profiling with the Darshan tool, scientific data libraries like HDF5, scalable I/O libraries like SIONlib, Intel Xeon Phi programming, PGAS programming Please also pass this course announcement to other interested colleagues. Information on further HPC courses: - by LRZ: http://www.lrz.de/services/compute/courses/ - by the Gauss Centre of Supercomputing (GCS): http://www.gauss-centre.eu/training - by the PRACE Advanced Training Centres (PATCs): http://www.training.prace-ri.eu/ Kind regards, Volker Weinberg -- Dr. Volker Weinberg PRACE Advanced Training Centre (PATC) Coordinator Leibniz Supercomputing Centre of the Bavarian Academy of Sciences and Humanities email: weinberg(a)lrz.de address: Boltzmannstr. 1 - D-85748 Garching bei Muenchen room: E.1.016 phone: +49 (89) 35831-8863

1 0

SuperMUC hilft, neue Spezies im tropischen Regenwald zu entdecken
by Palm, Ludger March 21, 2017

March 21, 2017

Am Montag, 20. März 2017, veröffentlichte die Fachzeitschrift Nature Ecology and Evolution eine Untersuchung der mikrobiellen Vielfalt in tropischen Regenwäldern. Ein internationales Team um Micah Dunthorn (Technische Universität Kaiserslautern, finanziert durch das Emmy-Noether Programm der DFG) sammelte Bodenproben in den Regenwäldern von Costa Rica, Panama und Ecuador und extrahierte und sequenzierte die DNA der darin lebenden Mikroben. Die Bioinformatiker Alexandros Stamatakis, Lucas Czech und Alexey Kozlov (Heidelberger Institut für Theoretische Studien und Karlsruher Institut für Technologie) analysierten anschließend die über 130 Millionen Sequenzen auf dem Höchstleistungsrechner "SuperMUC" des Leibniz-Rechenzentrums (LRZ) der Bayerischen Akademie der Wissenschaften. Die Forscher haben für ihre Analysen etwa 1 Million Prozessorstunden auf dem SuperMUC verbraucht. "Ohne die hervorragende Infrastruktur für das Höchstleistungsrechnen in Deutschland, und insbesondere am LRZ, hätte man diese Studie nicht durchführen können. Die Verfügbarkeit des SuperMUC stellt einen wesentlichen nationalen Wettbewerbsvorteil dar", so Stamatakis. Alexandros Stamatakis war bereits 2014 an der Berechnung eines Stammbaumes von Insekten beteiligt, die es damals auf die Titelseite von Science schaffte. Im Rahmen seines Projektes auf dem SuperMUC berechnete er anschließend auch einen Stammbaum von Vögeln. Im Laufe der Jahre gelang es dem Team um Stamatakis, die Algorithmen so zu verbessern und die Berechnungen derart zu beschleunigen, dass die jetzige Untersuchung der Regenwald-Mikroben möglich wurde. Gegenwärtig arbeitet die Gruppe an einem neuen Parallelisierungsansatz für ihre Software, die Datensätze wird handhaben können, welche zehn Mal grösser als in der aktuellen Studie sein werden. Weitere Informationen finden Sie in der Pressemitteilung der Universität Kaiserslautern<https://www.uni-kl.de/aktuelles/news/news/detail/News/neue-arten-entdeckt-m…>. Die Studie wurde in der Fachzeitschrift "Nature Ecology and Evolution" veröffentlicht: Mahé et al. (2017). Parasites dominate hyperdiverse soil protist communities in Neotropical rainforests. Nature Ecology and Evolution 1:09. DOI: 10.1038/s41559-017-0091

1 0

Umzug der TSM Serverinstanz S12 auf neue Hardware
by Bublak, Dominik March 20, 2017

March 20, 2017

Update 20.03.2017 8:54 Migration S12 bis auf weiteres verschoben. Aufgrund eines unerwarteten Personalengpasses müssen wir die Migration von S12 bis auf weiteres verschieben. Wir Informieren Sie zu gegebener Zeit an dieser Stelle über einen neuen Migrationstermin __________________________________________ Wegen des Umzuges der TSM Serverinstanz S12.abs.lrz.de auf neue, leistungsfähigere Hardware, kommt es am 22.03.2017 zwischen 07:00 bis ca 17:00 Uhr zu einer Betriebsunterbrechung von S12. Im Zuge dessen kommt es zu einer Änderung der IP Adresse, von 10.156.29.66 auf 10.156.29.80 für den DNS Namen S12.abs.lrz.de. Sollten Sie entweder in der TSM Konfiguration oder Ihrer Firewall die IP-Addresse 10.156.29.66 für den Kontakt zu/die Freischaltung von S12 benutzen, so müssen Sie diese ändern. Sollten Sie nur den entsprechenden DNS Namen S12.abs.lrz.de in der TSM Konfiguration verwenden, so sollte sich der TSM Client automatisch an die neue IP Adresse von S12 anpassen. Allerdings ist es ratsam am 23.03.2017 das Log der automatischen TSM Sicherung zu überprüfen, ob alles wie gewünscht funktioniert hat. Im Zweifel sollten Sie den TSM Schedulerdienst am 23.03.2017 auf Ihren Systemen neu starten. Wenn Sie überprüfen wollen, ob bzw. welche Ihrer Nodes von der Umstellung betroffen sind, können Sie diese Anleitung verwenden: https://www.lrz.de/services/datenhaltung/adsm/dat-support/faq/#kfaq26 Due to the migration of TSM server instance S12.abs.lrz.de to new hardware, there will be a downtime for S12 on 2017-03-22 from 07:00 to 17:00 o'clock. Because of the migration, the IP of DNS name S12.abs.lrz.de will be changed from 10.156.29.66 to 10.156.29.80. If you're using the IP 10.156.29.66 directly in your TSM configuration or your firewall configuration, you'll have to change that. If you're just using the DNS name S12.abs.lrz.de in your TSM configuration, the TSM client should automatically adopt to the new IP of the DNS name. However, we strongly recommend that you check the TSM logs of your automatic backup on 2017-03-23 to make sure, everything went fine. If in doubt, please restart the TSM scheduler service on 2017-03-23. If you want to check which Nodes are affected, you can use this manual: https://www.lrz.de/services/datenhaltung/adsm/dat-support/faq/#kfaq26<https://www.lrz.de/services/datenhaltung/adsm/dat-support/faq/#kfaq26#kfaq26>

1 0

Schließung des LRZ am 30.03.2017 bereits um 13 Uhr
by Palm, Ludger March 15, 2017

March 15, 2017

Am Donnerstag, 30.03.2017, wird das LRZ wegen der Festveranstaltung anlässlich der Übergabe der Leitung des LRZ von Prof. Dr. Dr. h.c. Arndt Bode an Prof. Dr. Dieter Kranzlmüller bereits um 13 Uhr für den Benutzerbetrieb geschlossen. Wir bitten um Ihr Verständnis.

1 0

Umzug der TSM Serverinstanz S12 auf neue Hardware
by Bublak, Dominik March 13, 2017

March 13, 2017

Wegen des Umzuges der TSM Serverinstanz S12.abs.lrz.de auf neue, leistungsfähigere Hardware, kommt es am 22.03.2017 zwischen 07:00 bis ca 17:00 Uhr zu einer Betriebsunterbrechung von S12. Im Zuge dessen kommt es zu einer Änderung der IP Adresse, von 10.156.29.66 auf 10.156.29.80 für den DNS Namen S12.abs.lrz.de. Sollten Sie entweder in der TSM Konfiguration oder Ihrer Firewall die IP-Addresse 10.156.29.66 für den Kontakt zu/die Freischaltung von S12 benutzen, so müssen Sie diese ändern. Sollten Sie nur den entsprechenden DNS Namen S12.abs.lrz.de in der TSM Konfiguration verwenden, so sollte sich der TSM Client automatisch an die neue IP Adresse von S12 anpassen. Allerdings ist es ratsam am 23.03.2017 das Log der automatischen TSM Sicherung zu überprüfen, ob alles wie gewünscht funktioniert hat. Im Zweifel sollten Sie den TSM Schedulerdienst am 23.03.2017 auf Ihren Systemen neu starten. Wenn Sie überprüfen wollen, ob bzw. welche Ihrer Nodes von der Umstellung betroffen sind, können Sie diese Anleitung verwenden: https://www.lrz.de/services/datenhaltung/adsm/dat-support/faq/#kfaq26 Due to the migration of TSM server instance S12.abs.lrz.de to new hardware, there will be a downtime for S12 on 2017-03-22 from 07:00 to 17:00 o'clock. Because of the migration, the IP of DNS name S12.abs.lrz.de will be changed from 10.156.29.66 to 10.156.29.80. If you're using the IP 10.156.29.66 directly in your TSM configuration or your firewall configuration, you'll have to change that. If you're just using the DNS name S12.abs.lrz.de in your TSM configuration, the TSM client should automatically adopt to the new IP of the DNS name. However, we strongly recommend that you check the TSM logs of your automatic backup on 2017-03-23 to make sure, everything went fine. If in doubt, please restart the TSM scheduler service on 2017-03-23. If you want to check which Nodes are affected, you can use this manual: https://www.lrz.de/services/datenhaltung/adsm/dat-support/faq/#kfaq26<https://www.lrz.de/services/datenhaltung/adsm/dat-support/faq/#kfaq26#kfaq26>

1 0