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PRACE PATC Course: Advanced Topics in High Performance Computing
by Weinberg, Volker March 21, 2017

March 21, 2017

Dear HPC users of LRZ, Are you interested in improving the node-level performance and I/O of your code or learning more about Intel Xeon Phi and PGAS programming? Then join our course "Advanced Topics in High Performance Computing". The registration deadline has been extended to Friday March 24, 2017. PRACE PATC Course: Advanced Topics in High Performance Computing https://events.prace-ri.eu/event/535/ Date: Monday, April 3, 2017 - Thursday, April 6, 2017, 09:00-17:00 Lecturers: Dr. R. Bader, Dr. S. Mendez, Dr. V. Weinberg (LRZ), Dr.-Ing. J. Eitzinger, Dr. G. Hager, Dr. M. Wittmann (RRZE) Topics: Processor-specific optimisation, parallel I/O with MPI I/O, tuning of I/O on LRZ's HPC systems, I/O profiling with the Darshan tool, scientific data libraries like HDF5, scalable I/O libraries like SIONlib, Intel Xeon Phi programming, PGAS programming Please also pass this course announcement to other interested colleagues. Information on further HPC courses: - by LRZ: http://www.lrz.de/services/compute/courses/ - by the Gauss Centre of Supercomputing (GCS): http://www.gauss-centre.eu/training - by the PRACE Advanced Training Centres (PATCs): http://www.training.prace-ri.eu/ Kind regards, Volker Weinberg -- Dr. Volker Weinberg PRACE Advanced Training Centre (PATC) Coordinator Leibniz Supercomputing Centre of the Bavarian Academy of Sciences and Humanities email: weinberg(a)lrz.de address: Boltzmannstr. 1 - D-85748 Garching bei Muenchen room: E.1.016 phone: +49 (89) 35831-8863

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SuperMUC hilft, neue Spezies im tropischen Regenwald zu entdecken
by Palm, Ludger March 21, 2017

March 21, 2017

Am Montag, 20. März 2017, veröffentlichte die Fachzeitschrift Nature Ecology and Evolution eine Untersuchung der mikrobiellen Vielfalt in tropischen Regenwäldern. Ein internationales Team um Micah Dunthorn (Technische Universität Kaiserslautern, finanziert durch das Emmy-Noether Programm der DFG) sammelte Bodenproben in den Regenwäldern von Costa Rica, Panama und Ecuador und extrahierte und sequenzierte die DNA der darin lebenden Mikroben. Die Bioinformatiker Alexandros Stamatakis, Lucas Czech und Alexey Kozlov (Heidelberger Institut für Theoretische Studien und Karlsruher Institut für Technologie) analysierten anschließend die über 130 Millionen Sequenzen auf dem Höchstleistungsrechner "SuperMUC" des Leibniz-Rechenzentrums (LRZ) der Bayerischen Akademie der Wissenschaften. Die Forscher haben für ihre Analysen etwa 1 Million Prozessorstunden auf dem SuperMUC verbraucht. "Ohne die hervorragende Infrastruktur für das Höchstleistungsrechnen in Deutschland, und insbesondere am LRZ, hätte man diese Studie nicht durchführen können. Die Verfügbarkeit des SuperMUC stellt einen wesentlichen nationalen Wettbewerbsvorteil dar", so Stamatakis. Alexandros Stamatakis war bereits 2014 an der Berechnung eines Stammbaumes von Insekten beteiligt, die es damals auf die Titelseite von Science schaffte. Im Rahmen seines Projektes auf dem SuperMUC berechnete er anschließend auch einen Stammbaum von Vögeln. Im Laufe der Jahre gelang es dem Team um Stamatakis, die Algorithmen so zu verbessern und die Berechnungen derart zu beschleunigen, dass die jetzige Untersuchung der Regenwald-Mikroben möglich wurde. Gegenwärtig arbeitet die Gruppe an einem neuen Parallelisierungsansatz für ihre Software, die Datensätze wird handhaben können, welche zehn Mal grösser als in der aktuellen Studie sein werden. Weitere Informationen finden Sie in der Pressemitteilung der Universität Kaiserslautern<https://www.uni-kl.de/aktuelles/news/news/detail/News/neue-arten-entdeckt-m…>. Die Studie wurde in der Fachzeitschrift "Nature Ecology and Evolution" veröffentlicht: Mahé et al. (2017). Parasites dominate hyperdiverse soil protist communities in Neotropical rainforests. Nature Ecology and Evolution 1:09. DOI: 10.1038/s41559-017-0091

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Umzug der TSM Serverinstanz S12 auf neue Hardware
by Bublak, Dominik March 20, 2017

March 20, 2017

Update 20.03.2017 8:54 Migration S12 bis auf weiteres verschoben. Aufgrund eines unerwarteten Personalengpasses müssen wir die Migration von S12 bis auf weiteres verschieben. Wir Informieren Sie zu gegebener Zeit an dieser Stelle über einen neuen Migrationstermin __________________________________________ Wegen des Umzuges der TSM Serverinstanz S12.abs.lrz.de auf neue, leistungsfähigere Hardware, kommt es am 22.03.2017 zwischen 07:00 bis ca 17:00 Uhr zu einer Betriebsunterbrechung von S12. Im Zuge dessen kommt es zu einer Änderung der IP Adresse, von 10.156.29.66 auf 10.156.29.80 für den DNS Namen S12.abs.lrz.de. Sollten Sie entweder in der TSM Konfiguration oder Ihrer Firewall die IP-Addresse 10.156.29.66 für den Kontakt zu/die Freischaltung von S12 benutzen, so müssen Sie diese ändern. Sollten Sie nur den entsprechenden DNS Namen S12.abs.lrz.de in der TSM Konfiguration verwenden, so sollte sich der TSM Client automatisch an die neue IP Adresse von S12 anpassen. Allerdings ist es ratsam am 23.03.2017 das Log der automatischen TSM Sicherung zu überprüfen, ob alles wie gewünscht funktioniert hat. Im Zweifel sollten Sie den TSM Schedulerdienst am 23.03.2017 auf Ihren Systemen neu starten. Wenn Sie überprüfen wollen, ob bzw. welche Ihrer Nodes von der Umstellung betroffen sind, können Sie diese Anleitung verwenden: https://www.lrz.de/services/datenhaltung/adsm/dat-support/faq/#kfaq26 Due to the migration of TSM server instance S12.abs.lrz.de to new hardware, there will be a downtime for S12 on 2017-03-22 from 07:00 to 17:00 o'clock. Because of the migration, the IP of DNS name S12.abs.lrz.de will be changed from 10.156.29.66 to 10.156.29.80. If you're using the IP 10.156.29.66 directly in your TSM configuration or your firewall configuration, you'll have to change that. If you're just using the DNS name S12.abs.lrz.de in your TSM configuration, the TSM client should automatically adopt to the new IP of the DNS name. However, we strongly recommend that you check the TSM logs of your automatic backup on 2017-03-23 to make sure, everything went fine. If in doubt, please restart the TSM scheduler service on 2017-03-23. If you want to check which Nodes are affected, you can use this manual: https://www.lrz.de/services/datenhaltung/adsm/dat-support/faq/#kfaq26<https://www.lrz.de/services/datenhaltung/adsm/dat-support/faq/#kfaq26#kfaq26>

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Schließung des LRZ am 30.03.2017 bereits um 13 Uhr
by Palm, Ludger March 15, 2017

March 15, 2017

Am Donnerstag, 30.03.2017, wird das LRZ wegen der Festveranstaltung anlässlich der Übergabe der Leitung des LRZ von Prof. Dr. Dr. h.c. Arndt Bode an Prof. Dr. Dieter Kranzlmüller bereits um 13 Uhr für den Benutzerbetrieb geschlossen. Wir bitten um Ihr Verständnis.

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Umzug der TSM Serverinstanz S12 auf neue Hardware
by Bublak, Dominik March 13, 2017

March 13, 2017

Wegen des Umzuges der TSM Serverinstanz S12.abs.lrz.de auf neue, leistungsfähigere Hardware, kommt es am 22.03.2017 zwischen 07:00 bis ca 17:00 Uhr zu einer Betriebsunterbrechung von S12. Im Zuge dessen kommt es zu einer Änderung der IP Adresse, von 10.156.29.66 auf 10.156.29.80 für den DNS Namen S12.abs.lrz.de. Sollten Sie entweder in der TSM Konfiguration oder Ihrer Firewall die IP-Addresse 10.156.29.66 für den Kontakt zu/die Freischaltung von S12 benutzen, so müssen Sie diese ändern. Sollten Sie nur den entsprechenden DNS Namen S12.abs.lrz.de in der TSM Konfiguration verwenden, so sollte sich der TSM Client automatisch an die neue IP Adresse von S12 anpassen. Allerdings ist es ratsam am 23.03.2017 das Log der automatischen TSM Sicherung zu überprüfen, ob alles wie gewünscht funktioniert hat. Im Zweifel sollten Sie den TSM Schedulerdienst am 23.03.2017 auf Ihren Systemen neu starten. Wenn Sie überprüfen wollen, ob bzw. welche Ihrer Nodes von der Umstellung betroffen sind, können Sie diese Anleitung verwenden: https://www.lrz.de/services/datenhaltung/adsm/dat-support/faq/#kfaq26 Due to the migration of TSM server instance S12.abs.lrz.de to new hardware, there will be a downtime for S12 on 2017-03-22 from 07:00 to 17:00 o'clock. Because of the migration, the IP of DNS name S12.abs.lrz.de will be changed from 10.156.29.66 to 10.156.29.80. If you're using the IP 10.156.29.66 directly in your TSM configuration or your firewall configuration, you'll have to change that. If you're just using the DNS name S12.abs.lrz.de in your TSM configuration, the TSM client should automatically adopt to the new IP of the DNS name. However, we strongly recommend that you check the TSM logs of your automatic backup on 2017-03-23 to make sure, everything went fine. If in doubt, please restart the TSM scheduler service on 2017-03-23. If you want to check which Nodes are affected, you can use this manual: https://www.lrz.de/services/datenhaltung/adsm/dat-support/faq/#kfaq26<https://www.lrz.de/services/datenhaltung/adsm/dat-support/faq/#kfaq26#kfaq26>

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Stellenangebot: Federated Identity Management
by Major, Martin Feb. 27, 2017

Feb. 27, 2017

Stellenangebot: Federated Identity Management Zum nächst möglichen Zeitpunkt suchen wir: eine(n) wissenschaftliche(n) Mitarbeiter(in) im Bereich Federated Identity Management Aufgaben: * Analyse und konzeptuelle Weiterentwicklung der für den Aufbau der Vertrauensbeziehung zwischen den Organisationen notwendigen Austauschs von Metainformationen * Einrichtungsübergreifender Austausch von Nutzerinformationen (d.h. Attributen) unter Beachtung des Datenschutzes (Code of Conduct) * Konzeption und Implementierung von Softwarelösungen zum Aufbau eines Federation as a service (FaaS)-Dienstes in GÉANT * Konzeption und Erweiterung OpenIDConnect-basierter Lösungen um Föderationsähnliche Strukturen * Entwicklung neuer Lösungsansätze und stärkere Einbeziehung des Nutzers (User-centric) * Erweiterung existierender FIM-Methoden zur Nutzung von Mehr-Faktor-Authentifizierungs-Lösungen und deren Integration in bestehende Workflows Anforderungen (Profil): * Erfolgreich abgeschlossenes naturwissenschaftliches Hochschulstudium mit Master-, Diplom- oder gleichwertigem Abschluss und Schwerpunkt in Informatik oder Wirtschaftsinformatik * Team- und Kommunikationsfähigkeit * Fähigkeit zu selbständigem und wissenschaftlichen Arbeiten * Gute Englischkenntnisse * Kenntnisse im Bereich Federated Identity Management und Programmiererfahrung von Vorteil Die weiteren Einzelheiten entnehmen Sie bitte unserem Stellenangebot<https://www.lrz.de/wir/stellen/2017-02_fim/>.

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New PRACE Best Practice Guides
by Weinberg, Volker Feb. 24, 2017

Feb. 24, 2017

The Partnership for Advanced Computing in Europe - PRACE - has published 4 new Best Practice Guides written under the leadership of LRZ * Best Practice Guide - Intel Xeon Phi, January 2017 PDF<http://www.prace-ri.eu/IMG/pdf/Best-Practice-Guide-Intel-Xeon-Phi-1.pdf> HTML<http://www.prace-ri.eu/best-practice-guide-intel-xeon-phi-january-2017/> * Best Practice Guide - Haswell/Broadwell, January 2017 PDF<http://www.prace-ri.eu/IMG/pdf/Best-Practice-Guide-Haswell.pdf> HTML<http://www.prace-ri.eu/best-practice-guide-haswellbroadwell-january-2017/> * Best Practice Guide - GPGPU, January 2017 PDF<http://www.prace-ri.eu/IMG/pdf/Best-Practice-Guide-GPGPU-1.pdf> HTML<http://www.prace-ri.eu/best-practice-guide-gpgpu-january-2017/> * Best Practice Guide - Knights Landing, January 2017 PDF<http://www.prace-ri.eu/IMG/pdf/Best-Practice-Guide-Knights-Landing.pdf> HTML<http://www.prace-ri.eu/IMG/best-practice-guide-knights-landing-january-2017/> Topics for the Best Practice Guides include: System Architecture, Configuration, Production Environment, Programming Environment, Basic Porting, Performance Analysis, Tuning, Debugging, European Systems, etc. Further Best Practice Guides published within PRACE in the past are available under http://www.prace-ri.eu/best-practice-guides/ Kind regards, Volker Weinberg -- Dr. Volker Weinberg Leibniz Supercomputing Centre of the Bavarian Academy of Sciences and Humanities - HPC Systems and Services - email: weinberg(a)lrz.de<mailto:weinberg@lrz.de> address: Boltzmannstr. 1 - D-85748 Garching bei Muenchen room: E.1.016 phone: +49 (89) 35831-8863

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Stellenangebot Web-Team
by Major, Martin Feb. 22, 2017

Feb. 22, 2017

Stellenangebot: Mitarbeiter(in) im Web-Team Zum nächst möglichen Zeitpunkt suchen wir eine: Verstärkung für unser Web-Team Wir sind verantwortlich für den Betrieb und die Weiterentwicklung der technischen Infrastruktur für zahlreiche Webserver und Webanwendungen im Hochschulbereich: * Wir hosten eine Vielzahl unterschiedlicher weborientierter Produkte: Moodle, TYPO3, Drupal, Joomla, Wordpress, diverse Wiki-Software, etc. * Wir betreiben für den Münchner Hochschulbereich GitLab, eine Webanwendung zur Versionsverwaltung mit git. * Unsere Hosting-Umgebung wird laufend an die Bedürfnisse unserer Nutzer angepasst. * Wir versuchen, sowohl ein ausgewogenes Standard-Angebot anzubieten als auch Sonderwünsche zu realisieren. * Wir halten engen Kontakt zu unseren Nutzern, bieten ihnen technische Unterstützung und beraten diese bei Fragen und Problemen. Unsere Anforderungen an Sie: * Diplom- oder Master-Abschluss in einem Informatik-nahen Fach oder Studiengang * Betriebskenntnisse nach Möglichkeit in: Linux, Apache Webserver, MySQL-Server, GitLab * Programmierkenntnisse, nach Möglichkeit in einer oder mehreren der Sprachen: PHP, Perl, Unix-Shell, Ruby, Ruby On Rails * Fähigkeit zu motiviertem, eigenständigem Arbeiten * Gute Team-Fähigkeit * Spaß an Herausforderungen und am Einbringen von eigenen Ideen Die weiteren Einzelheiten entnehmen Sie bitte unserem Stellenangebot<https://www.lrz.de/wir/stellen/2017-02_webteam/>.

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Stellenangebot studentische Hilfskraft Softwareentwicklung
by Major, Martin Feb. 22, 2017

Feb. 22, 2017

Stellenangebot: Studentische Hilfskraft Software-Entwicklung Wir suchen zum nächstmöglichen Zeitpunkt eine Studentische Hilfskraft (m/w) für die Software Entwicklung Welche Aufgaben erwarten dich als Hilfskraft in der Software Entwicklung? Arbeite an spannenden Software-Projekten in den unterschiedlichsten Bereichen des LRZ und sammle Erfahrungen mit vielen verschiedenen Programmiersprachen und Software-Tools. Das wird dir geboten: * Ein Büroplatz direkt neben der TUM in Garching * Ein moderner Laptop als Arbeitsplattform * Arbeitsplatz in einem der größten und modernsten wissenschaftlichen Rechenzentren Europas * Sehr gute Einarbeitung durch das Team * Die Möglichkeit deine Fachkenntnisse weiterzuentwickeln * Arbeiten mit den neusten Technologien und Tools Das wird von dir erwartet: * Erfahrung in mindestens zwei Programmiersprachen (Idealerweise Java (SE), PHP oder Python) * Erfahrung im Umgang mit Datenbanken * Von Vorteil: Erfahrungen mit Webdesign und Versionskontrollsystemen Die weiteren Einzelheiten findest du in unserem Stellenangebot<https://www.lrz.de/wir/stellen/2017-02_stud-software/>.

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Advanced HPC Training Events @ LRZ in April/May 2017
by Weinberg, Volker Feb. 17, 2017

Feb. 17, 2017

Dear HPC users, we would like to draw your attention on the following PRACE Advanced Training Centre (PATC) events @ LRZ, Germany in April/May 2017: PRACE PATC Course: Advanced Topics in High Performance Computing https://events.prace-ri.eu/event/535/ Date: Monday, April 3, 2017 - Thursday, April 6, 2017, 9:00-18:00 Registration deadline: March 20, 2017 Lecturers: Dr. R. Bader, Dr. S. Mendez, Dr. V. Weinberg (LRZ), Dr.-Ing. J. Eitzinger, Dr. M. Wittmann (RRZE) Topics: Processor-specific optimisation, Parallel I/O with MPI I/O, tuning of I/O on LRZ's HPC systems, I/O libraries, Intel Xeon Phi programming, PGAS programming NEW Workshop @ LRZ: PRACE PATC Course: HPC code optimisation workshop https://events.prace-ri.eu/event/607/ Date: Thursday, May 4, 2017, 9:00-17:00 Registration deadline: April 20, 2017 Lecturers: Dr. Fabio Baruffa, Dr. Luigi Iapichino (Intel Parallel Computing Centre @ LRZ) Abstract: The workshop is organised as a compact course on techniques and methods, focused on code improvement and exploration of the latest Intel processor features, in particular the vector units. During this optimisation process, the attendees will learn how to enable vectorisation using simple pragmas and more effective techniques, like changing data layout and alignment. This work is guided by the hints from the Intel compiler reports, and using Intel Advisor. The outline of the workshop includes: basics on modern computer architectures, optimisation process and vectorisation, Intel Advisor. We provide also an N-body code, to support the described optimisation solutions with practical examples. Please also pass this course announcement to other interested colleagues. Information on further HPC courses: - by LRZ: http://www.lrz.de/services/compute/courses/ - by the Gauss Centre of Supercomputing (GCS): http://www.gauss-centre.eu/training - by the PRACE Advanced Training Centres (PATCs): http://www.training.prace-ri.eu/ Kind regards, Volker Weinberg -- Dr. Volker Weinberg Leibniz-Rechenzentrum der Bayerischen Akademie der Wissenschaften - High Performance Computing Group - email: weinberg(a)lrz.de<mailto:weinberg@lrz.de> address: Boltzmannstr. 1 - D-85748 Garching bei Muenchen room: E.1.016 phone: +49 (89) 35831-8863

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